Malte Ziemssen wurde als zweites von fünf Kindern am 11. Februar 1947 in Regensburg geboren. Im Jahr 1950 zog die Familie nach Dortmund. Der Schulbesuch von 1953 bis zum Jahr 1966 wurde mit dem Abitur am Stadtgymnasium abgeschlossen. Es folgte dann das Medizinstudium bis 1968 in Köln, anschließend in Hamburg. Dort bestand er 1972 das medizinische Staatsexamen und promovierte zum Doktor der Medizin. Im selben Jahr heiratete er die Sonderschullehrerin Ulrike Kuithan aus Dortmund. 1973 und 1975 wurden ihre zwei Söhne geboren. Nach Abschluss der Facharztausbildung an der Universitätsaugenklinik Köln folgte die Niederlassung als Augenarzt in Dortmund-Hörde von 1980 bis 2014.
Seit 2003 ist Malte Ziemssen im Kuratorium der Miriam-Stiftung.